分公司进项税总公司不能抵扣进项。
《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》(国税发[1995]192号)规定,纳税人购进货物或应税劳务,支付运输费用,所支付款项的单位,必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致,才能够申报抵扣进项税额,否则不予抵扣。
分公司是指在业务、资金、人事等方面受本公司管辖而不具有法人资格的分支机构。分公司属于分支机构,在法律上、经济上没有独立性,仅仅是总公司的附属机构。分公司没有自己的名称、章程,没有自己的财产,并以总公司的资产对分公司的债务承担法律责任。
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